Während der MRT richten sich Wasserstoffprotonen mit einem starken, gleichmäßigen Magnetfeld (gemessen in Tesla) aus. Diese Magnetisierung tritt auf, weil Protonen ein magnetisches Moment aus Spin haben. Höhere Feldstärken ergeben bessere Ausrichtung und hochwertigere Bilder.
Radiofrequenz-(RF)-Impulse stören dann die Ausrichtung und veranlassen die Protonen, „umzukippen“. Wenn der RF-Impuls aufhört, richten sich die Protonen neu aus und senden Radiowellen aus, die vom Scanner erkannt werden. Präzises Timing von Magnetfeldern und RF-Impulsen ermöglicht die selektive Erregung von Wasserstoff in verschiedenen Körperregionen und erzeugt detaillierte Querschnittsbilder zur Diagnose.

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