Der Name setzt sich aus den griechischen Wörtern „mikros“ („klein“) und „skopein“ („schauen“ oder „sehen“) zusammen. Ein Mikroskop ist ein Instrument zum Betrachten von Objekten, die für das menschliche Auge zu klein sind, um mit normalem Sehvermögen gesehen zu werden. Lupe, Brille und Glaslinsen können als Vorgänger des Mikroskops betrachtet werden, da sie versuchten, die Möglichkeiten des menschlichen Sehvermögens zu erweitern.
Das erste Mikroskop wurde 1590 erfunden. Aufbauend auf den bisherigen Innovationen sowie auf der Erfahrung aus ihrem Brillenmacher-Geschäft platzierten das Vater-Sohn-Team Hans und Zacharias Jansen (oder nur einer von ihnen, je nachdem, welchen fragwürdigen historischen Berichten man glaubt) eine Linse an jedem Ende einer Röhre und entdeckten, dass Objekte vergrößert wurden, wenn sie das Gerät verwendeten – viel mehr als durch die Brillen, die sie herstellten. Das Werkzeug erhielt seinen Namen von Doktor Giovanni Faber (1574–1629) im Jahr 1625, nachdem er seinen Freund Galileo Galilei (1564–1642) bei dessen wissenschaftlichen Experimenten beobachtet hatte. Zu diesem Zeitpunkt waren in ganz Europa mehrere Werkstätten zur Herstellung der neuen Erfindung eingerichtet worden.
Bis zum 18. Jahrhundert war das Mikroskop stark verbessert und für mehrere Anwendungen als wissenschaftliches Werkzeug eingesetzt worden. Robert Hooke (1635–1703) verwendete das Mikroskop, um die grundlegende Einheit des Lebens zu entdecken und den Begriff „Zelle“ zu prägen, eine der Beobachtungen, die er in seinem Werk „Micrographia“ (1665) veröffentlichte. Der Mikroskopmacher Antoni van Leeuwenhoek (1632–1723) wird die Entwicklung von Linsen mit kürzeren Brennweiten zugeschrieben, um die Vergrößerungsstufe zu erhöhen, eine Innovation, die ihm sehr bei seiner Entdeckung von Bakterien, Kapillarsystemen und Insektenlebenszyklen half und ihm so den Ruf als möglicherweise erster Mikrobiologe einbrachte. Der Titel „Vater der Mikroskopie“ wird gewöhnlich zwischen Hooke und van Leeuwenhoek geteilt für ihre bahnbrechende Arbeit mit dem Mikroskop.
Bis Mitte des 19. Jahrhunderts hatte das Mikroskop einige weitere mechanische Verbesserungen durchlaufen, wie die Erstellung von Objekttischen und Objektträgern für die zu untersuchende Probe sowie die Entwicklung von Objektiven zur Kontrolle der Vergrößerung und Auflösung der Probe. Schlüsselfiguren der Mikroskopie zu dieser Zeit waren der Chirurg Joseph Lister (1827–1912), der mehrere schwache Linsen in bestimmten Abständen zusammen verwendete, um eine akzeptable Vergrößerung ohne Probenverwaschung zu erzielen, und der Physiker Ernst Abbe (1840–1905), der die Bedeutung der Auflösung in der Mikroskopie einführte. Mikroskope wurden nun hauptsächlich in Deutschland und den Vereinigten Staaten in Massen produziert.
1903 entwickelte Richard Zsigmondy (1865–1729) das Ultramikroskop, das es ihm ermöglichte, Objekte unter der Wellenlänge des Lichts zu untersuchen. 1932 erfand Fritz Zernike (1888–1966) das Phasenkontrastmikroskop zur Untersuchung farbloser und transparenter biologischer Materialien. 1938 entwickelte Ernst Ruska (1906–1988) das Elektronenmikroskop. Und die Physiker Gerd Binnig (geboren 1947) und Heinrich Rohrer (geboren 1933) erfanden das Rastertunnelmikroskop zur Betrachtung von Objekten auf Atomniveau.
Heute ist das Mikroskop – von den einfachsten bis zu den ausgeklügeltsten Designs – eines der unentbehrlichsten Werkzeuge der Wissenschaft.
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