Bioremediation ist die Verwendung von natürlich vorkommenden Organismen oder organischem Material, um Verschmutzungen aus Boden und Wasser zu entfernen. Gelegentlich können diese wohlmeinenden Verfahren unerwünschte Sekundärprodukte hinterlassen, die ebenso problematisch sein können wie das Ausgangsmaterial. Sekundäre Auswirkungen der Bioremediation können auch entgangenes Einkommen und die Nutzung von Land für Landwirte und Rancher umfassen.
Schwache elektrische Felder können für die Bioremediation von Boden verwendet werden. Allerdings kann dieser Prozess einen negativen Einfluss auf mikrobielle Populationen haben, die Schadstoffe natürlich abbauen. Ein Artikel in der September-Ausgabe 2010 von "Science of the Total Environment" schlug eine geeignete Anwendung von elektrischem Strom vor, um schädliche Veränderungen des Boden-pH-Werts zu vermeiden, die ansässige Bakterien schädigen können. Die Forscher fanden heraus, dass die konstante Anwendung von elektrischen Feldern mit 1,4 Volt pro Zentimeter effizient für die Bioremediation ist, aber das Potenzial von Mikroorganismen, Schadstoffe abzubauen, nicht hemmt.
Bioremediation kann manchmal die Produktion unerwünschter Sekundärsubstanzen fördern. Eine Studie, die in der Juni-Ausgabe 2010 von "Environmental Science Technology" veröffentlicht wurde, untersuchte die Auswirkungen von Sekundärprodukten, einschließlich anorganischer geladener Partikel, Mineralisierungsprodukten und mikrobiellen Abfallprodukten. Die Studie ergab, dass geladene Partikel zur Bildung von Grünrost durch die Übertragung von Ladungen auf Eisenmoleküle im Boden führten. Die Autoren kamen zu dem Schluss, dass geladene Partikel bakterielle Zellen hemmen, die bei der Bioremediation helfen können, und Verbindungen produzieren, die der Umwelt schaden.
Bioremediation kann verheerende Auswirkungen auf das Einkommen von Landwirten haben, die versuchen, ihr Land von Schadstoffen zu befreien. Eine Studie in der September-Ausgabe 2010 des "International Journal of Phytoremediation" untersuchte die Verwendung von Pflanzen zur Treibstoffherstellung anstelle von Futter für Nutztiere. Die Autoren zitierten einen Fall eines Ackerfeldes, das mit Kadmium, einem Schwermetall, das Futter kontaminieren kann, kontaminiert war. Da kein Futtermais angebaut werden konnte, stand der Besitzer des Feldes vor schweren finanziellen Schwierigkeiten, indem er den Boden brachliegen ließ, während er versuchte, das Land von Schadstoffen zu reinigen. Die Autoren fanden heraus, dass es möglich war, Mais zur Ethanolproduktion anzubauen und gleichzeitig die Verschmutzungsniveaus zu senken, wodurch eine finanzielle Katastrophe vermieden wurde.
Papierfabriken verschmutzen Wasserwege. Es wurden Maßnahmen ergriffen, um die Menge der Schäden für die Umwelt durch Bioremediation zu begrenzen. Abwasser aus Papierfabriken wird organisch behandelt, bevor es freigesetzt wird, aber diese Behandlung behält oft schädliche Materialien bei oder produziert sie. Ein Artikel in der Mai-Ausgabe 2010 von "Environmental Science and Pollution Research International" erklärte, dass die Bioremediation von Holzspäne Restwerte organischer Verbindungen im endgültigen Abwasser aus Papierfabriken hinterlässt. Die Autoren fanden heraus, dass eine Tertiärbehandlung mit Pilzen die toxischen Auswirkungen von Abwasser aus diesen Einrichtungen lindern könnte.

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