Es wird geschätzt, dass über 100 Billionen Bakterien auf oder im menschlichen Körper leben und die menschlichen Zellen im Verhältnis 10 zu 1 überwiegen. Das menschliche Mikrobiom bezieht sich auf Gemeinschaften nützlicher Bakterien, die im Menschen leben. Große Gemeinschaften freundlicher Bakterien finden sich an verschiedenen Körperstellen, wie dem Verdauungs- und Urogenitalsystem. Die Bakterienart Lactobacilli findet sich in mehreren Mikrobiomen im gesamten Körper und spielt eine bedeutende Rolle bei der Aufrechterhaltung gesunder Systeme.
Ungefähr 400 verschiedene Bakterienarten sind im Darm vorhanden. Bakterien sind mit Schlüsselfunktionen assoziiert, einschließlich des Stoffwechsels von Nahrung, der Abfallentsorgung und der Verhinderung des Überwachstums krankheitserregender Mikroben. Darmbakterien synthetisieren auch wichtige Vitamine, die vom Körper benötigt werden, wie Vitamin K, das von Kolonbakterien produziert wird. Lactobacilli-Bakterien unterstützen den Stoffwechsel von Makronährstoffen und die Absorption. Sie werden häufig in Joghurt und Probiotika-Präparaten zugesetzt.
Bakterien, die auf der Vaginaloberfläche vorhanden sind, unterstützen den Schutz vor einer Reihe von Genitalinfektionen, wie Harnwegsinfektionen, Hefeinfektionen und sexuell übertragbaren Infektionen sowie bakterielle Vaginose. Obwohl das Vaginalmikrobiom jeder Person unterschiedlich ist, ist die Lactobacilli-Art konsistent vorhanden. Diese Bakterien produzieren Milchsäure und schaffen ein saures Umfeld, in dem schädliche Bakterien sonst nicht überleben können. Populationen von Lactobacilli sind bei Frauen im gebärfähigen Alter am höchsten.
Der Mund ist die Heimat von etwa 600 Bakterienarten, die auf Bereichen wie Zähnen, Zunge, Wangen und Lippen leben. Der Mund ist ein wichtiger Eintrittspunkt für Mikroben, und nützliche Bakterien sind eine erste Verteidigungslinie. Die Lactobacilli-Art ist ebenfalls in Mundmikrobiomen vorhanden, insbesondere in den frühen Jahren des menschlichen Lebens. Obwohl mit der Hemmung schädlicher Bakterien, die Karies verursachen, in Verbindung gebracht, kann sie aufgrund ihrer Fähigkeit, Milchsäure zu produzieren, auch selbst Karies verursachen.
Die Haut beherbergt Milliarden harmloser Bakterien und ist auch die erste Verteidigungslinie gegen pathogene Bakterien. Die Haut hat möglicherweise die vielfältigste Palette an Bakterienarten. Zum Beispiel sind Bakterien, die in Achselhöhlen vorkommen, völlig anders als solche auf den Unterarmen. Als Ergebnis sind bestimmte Hauterkrankungen in bestimmten Körperteilen häufiger, wie bei Ekzemen, das die Innenseite des Ellenbogens bevorzugt.

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