Flagellen sind peitschenartige Fortbewegungsorganellen. Ihre Struktur und ihr Mechanismus unterscheiden sich grundlegend über die drei Lebensbereiche: Bakterien, Archaeen und Eukaryoten.
Bakterielle und archaeale Flagellen sind analog (konvergent). Eukaryotische Flagellen teilen Abstammung mit Zilien. Typ-III-Sekretionssystem (T3SS) teilt Basalkörper-Homologie mit dem bakteriellen Flagellum.
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